Mostar a considérablement souffert de la guerre de Bosnie-Herzégovine (1992-1995). Trois camps s'y sont affrontés : tandis que les Serbes tenaient les hauteurs, les Croates avaient parqué les Bosniaques (Slaves musulmans) dans le ghetto de la vieille ville, sur la rive est de la Neretva. Le 9 novembre 1993, un obus croate abat le Stari Most, le « vieux pont » ottoman, symbole de la ville Capitale de l'Herzégovine, la ville était un centre industriel, notamment avec le constructeur aéronautique SOKO et un complexe industriel de production d’aluminium Aluminij, ainsi qu'un centre commercial actif (textile, tabac, produits alimentaires) et un site touristique très fréquenté en raison de son architecture orientale ottomane et de ses nombreuses mosquées.
Dès le printemps 1992, la ville et sa région sont touchées par plusieurs offensives militaires menées par l’armée populaire yougoslave (JNA) et les troupes paramilitaires des Serbes de Bosnie. Ni préparée ni organisée militairement, ayant observé de loin la guerre en Croatie, la population bosniaque applique la politique pacifiste dictée par Alija Izetbegović. Cette passivité entraînera une prise des montagnes environnantes et d’une partie de l’est de la ville par les troupes serbes. La totalité des ponts enjambant la rivière Neretva sont détruits à l’exception du vieux pont. Dans la zone industrielle, l’équipement de l’usine du constructeur aéronautique SOKO est déménagée en Serbie, l’aéroport et le complexe de l’usine d’aluminium Aluminij sont détruits.
La reprise de la ville, de la vallée de la Neretva et de ses environs est effectuée par les troupes du conseil de défense croate (HVO) et des forces armées croates (HOS) lors de l’opération Aubes de juin, du 7 au 26 juin 1992...