Le 1er octobre 1991, l'Armée populaire yougoslave attaque et encercle Dubrovnik pendant la guerre d'indépendance croate. Le siège de Dubrovnik dure jusqu'à mai 1992. La plus grosse attaque d'artillerie eut lieu le 6
De 1992 à 1993, la ville est par ailleurs la cible de tirs de l'armée serbo-monténégrine postée sur les hauteurs de Zarkovica, au nord-est de la ville, pendant la guerre d'indépendance de la Croatie. 68 % des bâtiments de la vieille ville auraient été touchés directement ou indirectement par les tirs d'obus.
La reconstruction s'est déroulée, autant que possible, dans le respect des techniques traditionnelles, tout en appliquant des normes anti-sismiques nouvelles, dans cette région géologiquement instable. La restauration des toitures fut particulièrement problématique, les matériaux traditionnels n'étant plus disponibles en quantité suffisante. Les anciennes tuiles furent ainsi progressivement remplacées par de nouvelles, bâtiment par bâtiment. Ces nouvelles tuiles proviennent d'une fabrique située à côté Toulouse, en France.